我院已建立较为健全的实验动物管理体系，由IACUC（机构实验动物管理和使用委员会）负责实验动物管理与使用的统筹规划及决策、实验动物伦理审查监督。由支撑平台处下属实验动物管理办负责院内实验动物的日常饲养管理与质量监控、实验动物采购及动物伦理管理、动物设施的正常运行维护。 

深圳先进院实验动物设施于2012年首次获得使用许可证，适用范围只有大、小鼠，面积仅105平方米。随着我院在生命科学领域的不断努力，实验动物需求也继续扩大，为进一步满足院内日益增长的科研需求，动物设施经历了多次升级改造。经2014、2015、2018及2021年共4次扩增使用范围后，许可面积达到3928平方米。 

2018年新建位于C区8楼（C8）的小动物设施共1700平方米。除大小鼠外，还可在此饲养兔、豚鼠及开展相关实验。各功能房间配有温湿度实时监控，工作照明、动物照明、紫外灯消毒智能化控制。共可提供超过4000个大小鼠笼位。大、小鼠屏障环境均采用IVC独立通气笼饲养，采用动物无菌饮用水处理设备保证动物饮水安全，并配备换笼工作台、生物安全柜、无管道通风橱。C8小动物设施配备有垫料倾倒机、步入式洗笼机、除臭喷淋塔等设备，自动化程度大幅提高的同时最大限度保证实验动物质量、人员健康与环境安全。为实现无纸化、智能化管理，同时还引进了在线管理系统。现C8小动物设施共服务6个研究所超过120个PI课题组近600名实验人员，为先进院的动物相关科研工作提供强有力支撑。