中国科学院深圳先进技术研究院，是国家创新战略实施的举措，是国家深化科技体制改革的产物，是中国科学院与地方政府在转变发展方式、建设区域创新体系中共同的抉择。为了种好科技体制创新的“试验田”，在深圳先进院发展过程中，共建三方（中国科学院、深圳市人民政府、香港中文大学）不断地给资源、给政策、给指导，帮助深圳先进院顺利驶入“快车道”。
    理事会制度是世界各国科研机构通行的现代院所制度，深圳先进院自成立起即实行理事会管理，致力探索一条新型科研机构的创新之路。
    深圳先进院理事会的主要职责为负责审议先进院重要规章和制度，提出所长（院长、主任）与副所长（副院长、副主任）的建议人选，审议发展战略、规划及法定代表人任期目标，审议年度工作报告、财务预算方案和决算报告，审议批准先进院的薪酬方案等。理事会管理制度下的工作效率高，逐步形成先进院“敢想敢干”的创新文化。

理事会相关大事记：

2006年1月10日，中国科学院路甬祥（右）与深圳市市委书记李鸿忠决策共建深圳先进院

2006年2月24日，中国科学院、深圳市人民政府签署共建深圳先进院备忘录。双方一致同意在筹建期间成立深圳先进院筹建小组，由中国科学院和深圳市政府各委派3人组成，实行双组长制，其主要职责是确定年度建设计划，助力深圳先进院早期发展。

2006年9月22日中国科学院、深圳市人民政府签署了共建中国科学院深圳先进技术研究院协议书，中国科学院、深圳市人民政府、香港中文大学三方签订了共建先进集成技术研究所《协议书》。确定深圳先进院实行理事会管理制度。 

2009年7月22日，中国科学院深圳先进技术研究院获中央编办批复；2009年12月17日，深圳先进院通过三方验收。2010年5月24日，根据《中国科学院与合作方共建研究机构理事会章程》，由共建三方成立第一届理事会。中国科学院担任理事长单位，深圳市人民政府、香港中文大学担任副理事长单位，中国科学院广州分院、深圳市相关局委参与。首届理事长是中国科学院副院长施尔畏，副理事长是深圳市人民政府副市长袁宝成（2010年）、陈彪（2011-2014年），香港中文大学常务副校长华云生。

2010年8月24日，深圳先进院第一届理事会第一次会议召开。

2011年12月20日，一届理事会二次会议。

2012年9月28日，一届理事会三次会议。

2014年5月27日，一届理事会四次会议。 

2015年3月，一届深圳先进院理事会届满。2010至2014年期间，理事会先后召开了四次会议，对深圳先进院发展起到了重要领导和保障作用。

2017年4月12日，深圳先进院第二届理事会第一次会议在深圳市民中心举行。中国科学院副院长张亚平任第二届先进院理事会理事长，深圳市委常委、常务副市长张虎与香港中文大学常务副校长华云生任第二届深圳先进院理事会副理事长。